AT2G02980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast RNA editing factor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ORGANELLE TRANSCRIPT PROCESSING 85 (OTP85); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT5G66520.1); Has 39959 Blast hits to 14548 proteins in 281 species: Archae - 3; Bacteria - 7; Metazoa - 132; Fungi - 233; Plants - 38891; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 693 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:868468..870279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68173.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 603 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAISSASLIS SFSHAETFTK HSKIDTVNTQ NPILLISKCN SLRELMQIQA YAIKSHIEDV SFVAKLINFC TESPTESSMS YARHLFEAMS EPDIVIFNSM 101: ARGYSRFTNP LEVFSLFVEI LEDGILPDNY TFPSLLKACA VAKALEEGRQ LHCLSMKLGL DDNVYVCPTL INMYTECEDV DSARCVFDRI VEPCVVCYNA 201: MITGYARRNR PNEALSLFRE MQGKYLKPNE ITLLSVLSSC ALLGSLDLGK WIHKYAKKHS FCKYVKVNTA LIDMFAKCGS LDDAVSIFEK MRYKDTQAWS 301: AMIVAYANHG KAEKSMLMFE RMRSENVQPD EITFLGLLNA CSHTGRVEEG RKYFSQMVSK FGIVPSIKHY GSMVDLLSRA GNLEDAYEFI DKLPISPTPM 401: LWRILLAACS SHNNLDLAEK VSERIFELDD SHGGDYVILS NLYARNKKWE YVDSLRKVMK DRKAVKVPGC SSIEVNNVVH EFFSGDGVKS ATTKLHRALD 501: EMVKELKLSG YVPDTSMVVH ANMNDQEKEI TLRYHSEKLA ITFGLLNTPP GTTIRVVKNL RVCRDCHNAA KLISLIFGRK VVLRDVQRFH HFEDGKCSCG 601: DFW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)