AT2G02720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectate lyase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pectate lyase family protein; FUNCTIONS IN: lyase activity, pectate lyase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectate lyase, N-terminal (InterPro:IPR007524), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectate lyase family protein (TAIR:AT1G14420.1); Has 1746 Blast hits to 1737 proteins in 278 species: Archae - 0; Bacteria - 753; Metazoa - 0; Fungi - 264; Plants - 699; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:763173..764834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51260.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 455 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVNLGSYVFV FVALSLTVVV PSVQAHIAEY DEYWTQRQTN ALRETLESYD PNPENVTDHF NYHAALAMET TGIVNETRRD LRQVGRGKKT TRRGGRFESL 101: NAIDKCWRGD KNWDKNRKKL ADCVLGFGRK TTGGKNGPIY VVTDPSDNDL LKPKPGTIRH AVTRDRPLWI IFARSMIIKL QQELIITNDK TIDGRGAKIY 201: ITGGAGLTLQ FVRNVIIHNI HIKQIKRGAG GLIIDSEQHF GLRTVSDGDG INIFGATNVW IDHVSMTDCS DGMIDAIMGS TAITISNSHF TDHDEVMLFG 301: GTNKDVIDKK MQITVAFNHF GKRLKQRMPR VRFGLVHVVN NDYTHWEMYA IGGNMNPTII SQGNRFIAPP IEDSKQVTKR EYTPYPEWKS WNWQSEKDYF 401: LNGAYFVQSG KANAWSATPK NPIPRKFAIR PQPGTKVRRL TKDAGTLGCK PGKSC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)