AT2G02040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peptide transporter 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a di- and tri-peptide transporter that recognizes a variety of different amino acid combinations. Expression of the transcripts for this gene can be detected in the embryo through in situ hybridization. This protein does not have nitrate transporter activity based on oocyte transport assays. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peptide transporter 2 (PTR2); FUNCTIONS IN: dipeptide transporter activity, high affinity oligopeptide transporter activity, tripeptide transporter activity, peptide transporter activity, transporter activity; INVOLVED IN: dipeptide transport, tripeptide transport, peptide transport; LOCATED IN: vacuolar membrane, plasma membrane, vacuole, plant-type vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site (InterPro:IPR018456), Oligopeptide transporter (InterPro:IPR000109), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT1G62200.1); Has 8080 Blast hits to 7668 proteins in 1494 species: Archae - 0; Bacteria - 3960; Metazoa - 799; Fungi - 488; Plants - 2224; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 609 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:487542..489707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64424.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 585 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSIEEEARP LIEEGLILQE VKLYAEDGSV DFNGNPPLKE KTGNWKACPF ILGNECCERL AYYGIAGNLI TYLTTKLHQG NVSAATNVTT WQGTCYLTPL 101: IGAVLADAYW GRYWTIACFS GIYFIGMSAL TLSASVPALK PAECIGDFCP SATPAQYAMF FGGLYLIALG TGGIKPCVSS FGADQFDDTD SRERVRKASF 201: FNWFYFSINI GALVSSSLLV WIQENRGWGL GFGIPTVFMG LAIASFFFGT PLYRFQKPGG SPITRISQVV VASFRKSSVK VPEDATLLYE TQDKNSAIAG 301: SRKIEHTDDC QYLDKAAVIS EEESKSGDYS NSWRLCTVTQ VEELKILIRM FPIWASGIIF SAVYAQMSTM FVQQGRAMNC KIGSFQLPPA ALGTFDTASV 401: IIWVPLYDRF IVPLARKFTG VDKGFTEIQR MGIGLFVSVL CMAAAAIVEI IRLHMANDLG LVESGAPVPI SVLWQIPQYF ILGAAEVFYF IGQLEFFYDQ 501: SPDAMRSLCS ALALLTNALG NYLSSLILTL VTYFTTRNGQ EGWISDNLNS GHLDYFFWLL AGLSLVNMAV YFFSAARYKQ KKASS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)