AT2G01680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.975 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ankyrin repeat family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ankyrin repeat family protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ankyrin repeat family protein (TAIR:AT2G31820.1); Has 36872 Blast hits to 17947 proteins in 711 species: Archae - 48; Bacteria - 2509; Metazoa - 18623; Fungi - 3211; Plants - 2983; Viruses - 164; Other Eukaryotes - 9334 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:306597..308427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58836.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEMKQMKFLT HQAFFSSVRS GDLSQLQQLV DNLTGDELID ESSPCSAVAE LMSVQNDAGE TAVYISAAEN LEDIFRYLIR FSSLETVKIR SKSDMNAFHV 101: AAKRGHLGIV KELLRLWPEL CRICDASNTS PLYAAAVQDH LEIVNAMLDV DPSCAMIVRK NGKTSLHTAG RYGLLRIVKA LIEKDAAIVG VKDKKGQTAL 201: HMAVKGRSLE VVEEILQADY TILNERDRKG NTALHIATRK ARPQITSLLL TFTAIEVNAI NNQKETAMDL ADKLQYSESA LEINEALVEA GAKHGRFIGR 301: EDEARALKRA VSDIKHEVQS QLLQNEKTNR RVSGIAKELR KLHREAVQNT TNSITVVAVL FASIAFLAIF NLPGQYFTEG SHVGQANIAG RTGFRVFCLL 401: NATSLFISLA VVVVQITLVA WDTRAQKKVV SVVNKLMWAA CACTFGAFLA IAFAVVGKGN SWMAITITLL GAPILVGTLA SMCYFVFRQR FRSGNDSQRR 501: IRRGSSKSFS WSYSHHVSDF EDESDFEKII AL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)