AT2G01660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plasmodesmata-located protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasmodesmal protein that may be involved in the intercellular movement of molecules through the plasmodesmata. The protein has two DUF26 domains and a single transmembrane domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plasmodesmata-located protein 6 (PDLP6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasmodesmata-located protein 7 (TAIR:AT5G37660.2); Has 1458 Blast hits to 1310 proteins in 27 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1458; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:290973..292496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30205.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 288 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFATKTVLFI AVVSLLGTFS SAAVDTFIYG GCSQEKYFPG SPYESNVNSL LTSFVSSASL YTYNNFTTNG ISGDSSSVYG LYQCRGDLSS GSGDCARCVA 101: RAVSRLGSLC AMASGGALQL EGCFVKYDNT TFLGVEDKTV VVRRCGPPVG YNSDEMTRRD SVVGSLAASS GGSYRVGVSG ELQGVAQCTG DLSATECQDC 201: LMEAIGRLRT DCGGAAWGDV YLAKCYARYS ARGGHSRANG YGGNRNNNDD DEIEKTLAII VGLIAGVTLL VVFLSFMAKS CERGKGGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)