AT2G01650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant UBX domain-containing protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a peripheral membrane protein that contains UBX domain and interacts with AtCDC48 in vitro and co-fractionates with membrane-associated but not soluble AtCDC48 in vivo. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant UBX domain-containing protein 2 (PUX2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PUB domain (InterPro:IPR018997), UBX (InterPro:IPR001012), PUG domain (InterPro:IPR006567); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain-containing protein (TAIR:AT1G04850.1); Has 563 Blast hits to 563 proteins in 115 species: Archae - 0; Bacteria - 15; Metazoa - 269; Fungi - 22; Plants - 176; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 81 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:284851..286394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51066.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 458 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDVKDKLKG FMKKVNLSSS SGKFKGQGRV LGSSSSSSAP PVNPIQNRFN SSQAPNPTPR PKPNPNPLPE KPLSSSDQKI SGSTRNPDHD PVRAPQDGFD 101: PYGAFITSSN RSQNGYSLSM FECPICKNPF TSEEEVSVHV ESCLGDTNGD ESSFEKDNND NDKSEMEKLV VVYLSGKPSE SSIDVLLRLF KNIVKEPENA 201: KFRKVRMSNA KIKEAIGDVA GGVELLELVG FELKEENDEI WAVMDVPSEE QSILINKVVG YLEKRKTESS GSSAQVMEPV APKKIDREIR VFFSVSENVA 301: SRIEVPDSFY SLSADEIKRE ADLRRKKIAE SQLLIPRSYK EKQAKAARKR YKRSMIRVQF PDGVVLQGVF APWEPTFALY EFVSSALKEP SLQFELLDPV 401: LVKRRVIPHT PAPGQKPITL EDEELVPSAL IRFRPIETDS LVFTGLRNEL LEISEPLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)