AT2G01180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidic acid phosphatase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes phosphatidate phosphatase. Up-regulated by genotoxic stress (gamma ray or UV-B) and elicitor treatments with mastoparan and harpin. Expressed in roots and leaves. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidic acid phosphatase 1 (PAP1); FUNCTIONS IN: phosphatidate phosphatase activity; INVOLVED IN: phospholipid metabolic process, response to stress; LOCATED IN: plasma membrane, integral to plasma membrane; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal (InterPro:IPR016118), Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase (InterPro:IPR000326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipid phosphate phosphatase 3 (TAIR:AT3G02600.1); Has 2118 Blast hits to 2110 proteins in 392 species: Archae - 9; Bacteria - 357; Metazoa - 920; Fungi - 399; Plants - 198; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 232 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:107182..108555 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36685.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 327 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTIGSFFSSL LFWRNSQDQE AQRGRMQEID LSVHTIKSHG GRVASKHKHD WIILVILIAI EIGLNLISPF YRYVGKDMMT DLKYPFKDNT VPIWSVPVYA 101: VLLPIIVFVC FYLKRTCVYD LHHSILGLLF AVLITGVITD SIKVATGRPR PNFYWRCFPD GKELYDALGG VVCHGKAAEV KEGHKSFPSG HTSWSFAGLT 201: FLSLYLSGKI KAFNNEGHVA KLCLVIFPLL AACLVGISRV DDYWHHWQDV FAGALIGTLV AAFCYRQFYP NPYHEEGWGP YAYFKAAQER GVPVTSSQNG 301: DALRAMSLQM DSTSLENMES GTSTAPR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)