AT1G78440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.973 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arabidopsis thaliana gibberellin 2-oxidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a gibberellin 2-oxidase that acts on C19 gibberellins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana gibberellin 2-oxidase 1 (ATGA2OX1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 2-oxidase (TAIR:AT1G30040.1); Has 8410 Blast hits to 8364 proteins in 975 species: Archae - 0; Bacteria - 1063; Metazoa - 88; Fungi - 964; Plants - 4898; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1397 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29511772..29512990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36733.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVLSKPVAI PKSGFSLIPV IDMSDPESKH ALVKACEDFG FFKVINHGVS AELVSVLEHE TVDFFSLPKS EKTQVAGYPF GYGNSKIGRN GDVGWVEYLL 101: MNANHDSGSG PLFPSLLKSP GTFRNALEEY TTSVRKMTFD VLEKITDGLG IKPRNTLSKL VSDQNTDSIL RLNHYPPCPL SNKKTNGGKN VIGFGEHTDP 201: QIISVLRSNN TSGLQINLND GSWISVPPDH TSFFFNVGDS LQVMTNGRFK SVRHRVLANC KKSRVSMIYF AGPSLTQRIA PLTCLIDNED ERLYEEFTWS 301: EYKNSTYNSR LSDNRLQQFE RKTIKNLLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)