AT1G77930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chaperone DnaJ-domain superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein; FUNCTIONS IN: heat shock protein binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Heat shock protein DnaJ, conserved site (InterPro:IPR018253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chaperone DnaJ-domain superfamily protein (TAIR:AT4G36040.1); Has 19455 Blast hits to 19427 proteins in 3128 species: Archae - 161; Bacteria - 8834; Metazoa - 3140; Fungi - 1483; Plants - 1557; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 4272 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29301184..29302467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31909.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 271 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNLRAICRP YSVFSSIVCC SRHQSRSLFR VSIKNVAFRN QSSNSSWFRS KNSNLWFRLN QRKTLVRASN WSQEKSPYDT LELDRNAEEE QIKVAYRRLA 101: KFYHPDVYDG KGTLEEGETA EARFIKIQAA YELLMDSEKK VQYDMDNRVN PMKASQAWME WLMKKRKAFD QRGDMAVAAW AEQQQLDINL RARRLSRSKV 201: DPEEERKILE KEKKASRELF NSTLKRHTLV LKKRDLMRKK AEEDKKKLIT QLLAAEGLEL DTEAEEEEAA K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)