AT1G77590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : long chain acyl-CoA synthetase 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes major plastidic long chain acyl-CoA synthetase with a slight substrate preference of oleic acid over any of the other fatty acids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
long chain acyl-CoA synthetase 9 (LACS9); FUNCTIONS IN: long-chain fatty acid-CoA ligase activity; INVOLVED IN: fatty acid metabolic process, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AMP-dependent synthetase and ligase family protein (TAIR:AT2G04350.2); Has 68698 Blast hits to 57242 proteins in 3549 species: Archae - 1129; Bacteria - 47028; Metazoa - 2860; Fungi - 3365; Plants - 2152; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 12162 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29148501..29151776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76179.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 691 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIPYAAGVIV PLALTFLVQK SKKEKKRGVV VDVGGEPGYA IRNHRFTEPV SSHWEHISTL PELFEISCNA HSDRVFLGTR KLISREIETS EDGKTFEKLH 101: LGDYEWLTFG KTLEAVCDFA SGLVQIGHKT EERVAIFADT REEWFISLQG CFRRNVTVVT IYSSLGEEAL CHSLNETEVT TVICGSKELK KLMDISQQLE 201: TVKRVICMDD EFPSDVNSNW MATSFTDVQK LGRENPVDPN FPLSADVAVI MYTSGSTGLP KGVMMTHGNV LATVSAVMTI VPDLGKRDIY MAYLPLAHIL 301: ELAAESVMAT IGSAIGYGSP LTLTDTSNKI KKGTKGDVTA LKPTIMTAVP AILDRVRDGV RKKVDAKGGL SKKLFDFAYA RRLSAINGSW FGAWGLEKLL 401: WDVLVFRKIR AVLGGQIRYL LSGGAPLSGD TQRFINICVG APIGQGYGLT ETCAGGTFSE FEDTSVGRVG APLPCSFVKL VDWAEGGYLT SDKPMPRGEI 501: VIGGSNITLG YFKNEEKTKE VYKVDEKGMR WFYTGDIGRF HPDGCLEIID RKKDIVKLQH GEYVSLGKVE AALSISPYVE NIMVHADSFY SYCVALVVAS 601: QHTVEGWASK QGIDFANFEE LCTKEQAVKE VYASLVKAAK QSRLEKFEIP AKIKLLASPW TPESGLVTAA LKLKRDVIRR EFSEDLTKLY A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)