AT1G76970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Target of Myb protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Target of Myb protein 1; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, intra-Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi stack, intracellular; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: VHS (InterPro:IPR002014), Target of Myb protein 1 (InterPro:IPR014645), GAT (InterPro:IPR004152), VHS subgroup (InterPro:IPR018205), ENTH/VHS (InterPro:IPR008942); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Target of Myb protein 1 (TAIR:AT1G21380.1); Has 1693 Blast hits to 1685 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 883; Fungi - 448; Plants - 280; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28922841..28924854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49257.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 446 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANDAAACAE RATNDMLIGP DWAINIELCD LINMDPSQAK EAVKVLKKRL GSKNSKVQIL ALYALETLSK NCGENVYQLI IDRGLLNDMV KIVKKKPELN 101: VREKILTLLD TWQEAFGGRG GRYPQYYNAY NDLRSAGIEF PPRTESSLSF FTPPQTQPDE DAAIQASLQG DDASSLSLEE IQSAEGSVDV LMDMLGAHDP 201: GNPESLKEEV IVDLVEQCRT YQRRVMTLVN TTTDEELLCQ GLALNDNLQH VLQRHDDIAN VGSVPSNGRN TRAPPPVQIV DINHDDEDDE SDDEFARLAH 301: RSSTPTRRPV HGSDSGMVDI LSGDVYKPQG NSSSQGVKKP PPPPPHTSSS SSSPVFDDAS PQQSKSSEVI RNLPPPPSRH NQRQQFFEHH HSSSGSDSSY 401: EGQTRNLSLT SSEPQKEEKP EDLLFKDLVE FAKTRSSKAN NNNRSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)