AT1G76390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARM repeat superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 (TAIR:AT1G20780.1); Has 2889 Blast hits to 2662 proteins in 212 species: Archae - 0; Bacteria - 26; Metazoa - 333; Fungi - 292; Plants - 2003; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 232 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28655914..28658531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89113.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 811 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGSGSWDGS QSDNSSQFEP GIDNIYEAFI CPLTKQVMHN PVTLENGQTF EREAIEKWFQ ECRENGQPLS CPITSKELSI TDLSPSIALR NTIEEWRARN 101: DALKLDIARQ SLYLGNAETN ILLALKNVRE ICRNIRKIRQ RVCNPQLVRL ITDMLKSSSH EVRCKALQTL QVVVEGDEES KAIVAEGDTV RTIVKFLSQE 201: PSKGREAAVS VLFELSKSEA LCEKIGSIHG AIILLVGLTS SKSENVSTVE KADKTLTNLE RSEENVRQMA INGRLQPLLA KLLEGSPETK VSMAFYLGVL 301: ALNNDVKVIV AQTVGSSLID LMRTRDMSQR EAALGALNNI SSFEGSAKLL INTGILPPLI KDLFYVGPNQ LPIRLKEVSA TILANIVNIG YDFDKVPVGP 401: HHQTLVSEEI VENLLQLTSN TGPEIQGKLL AVLVGLTSCP NSVINVVSAI RNSAAIISLV QFVEIHENDD LRLASIKLLH NISPHMSEEL ANALRSTVGQ 501: LGSLVSIISE NTPTITEEQA AAAGLLAELP ERDLVLTMRL LREGAFEKII SKIVGIRQGE IRGIRFERTF LEGLVSILAR ITFALTKETD ATLFCCEKNL 601: PSLFLDLLQS NSQDNIQRAS ATALENLSLE SKNLTKIPEL PPPTYCVSIF SCLSKPPVVL GICKIHQGIC SVRESFCLVE GQAVDKLVDL LDHENDKVVG 701: PALAALSTLL EDGLDVVQGV RLIDEADGIT PILNVLLENR TENLRIRAVW MVERILRIEE IAREVGEEQN VTAALVDAFQ NADFRTRQIA EKALRHIDKI 801: PNFSGIFTNI G |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)