AT1G76130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.483 peroxisome 0.295 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-amylase-like 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
alpha-amylase, putative / 1,4-alpha-D-glucan glucanohydrolase, putative, strong similarity to alpha-amylase GI:7532799 from (Malus x domestica);contains Pfam profile PF00128: Alpha amylase, catalytic domain. Predicted to be secreted based on SignalP analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-amylase-like 2 (AMY2); FUNCTIONS IN: cation binding, catalytic activity, alpha-amylase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, glycogen catabolic process; LOCATED IN: extracellular region; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase family 13 (InterPro:IPR006046), Alpha-amylase, plant (InterPro:IPR013775), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781), Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain (InterPro:IPR006047), Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet (InterPro:IPR012850); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-amylase-like 3 (TAIR:AT1G69830.1); Has 2455 Blast hits to 2450 proteins in 882 species: Archae - 39; Bacteria - 1348; Metazoa - 171; Fungi - 337; Plants - 494; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28561647..28563914 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47172.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGYYNNVFDE CNDQTDIGRV IRDGREVILQ AYNWESHKYD WWRNLDGKVP DIAKSGFTSA WLPPPSQSLA PEGYLPQDLY SLNSAYGSEH LLKSLLRKMK 101: QYKVRAMADI VINHRVGTTR GHGGMYNRYD GISLPWDEHA VTSCTGGLGN RSTGDNFNGV PNVDHTQHFV RKDIIGWLRW LRNTVGFQDF RFDFARGYSA 201: NYVKEYIGAA KPLFSVGECW DSCNYNGHGL DYNQDSHRQR IISWIDATGQ ISAAFDFTTK GILQEAVKGQ YWRLCDAQGK PPGVMGWWPS RAVTFLDNHD 301: TGSTQAHWPF PSHHVMEGYA YILTHPGIPC VFYDHFYDWG SSIHDQIVKL IDIRRRQDIH SRSTVRVLKA ESNLYAAIVG EKICMKLGDG SWCPSGRDWT 401: LATSGHRYAV WHK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)