AT1G75960.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.755 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : AMP-dependent synthetase and ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AMP-dependent synthetase and ligase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AMP-binding, conserved site (InterPro:IPR020845), AMP-dependent synthetase/ligase (InterPro:IPR000873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: acyl activating enzyme 5 (TAIR:AT5G16370.1); Has 76139 Blast hits to 69900 proteins in 3519 species: Archae - 1138; Bacteria - 49873; Metazoa - 3177; Fungi - 3318; Plants - 2164; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 16468 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28518187..28519821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59714.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 544 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDLKPSAAN SLPLTLLGFL ERAATVYGDC TSIVYGNSTV YTWRETNHRC LCVASALSSI GIGRSDVVSV LSANTPEMYE LQFSVPMSGA ILNNINTRLD 101: ARTVSVLLRH CESKLLFVDF FYSDLAVEAI TMLLNPPILV LIANEEEEEG GAEVTERSKF CYLYSDLITR GNPDFKWIRP GSEWDPIVVN YTSGTTSSPK 201: GVVHCHRGIF VMTLDSLTDW AVPKTPVYLW TLPIFHANGW TYPWGIAAVG GTNVCVRKLH APSIYHLIRD HGVTHMYGAP IVLQILSASQ ESDQPLKSPV 301: NFLTAGSSPP ATVLLRAESL GFIVSHGYGL TETAGVIVSC AWKPNWNRLP ASDQAQLKSR QGVRTVGFSE IDVVDPESGR SVERDGETVG EIVLRGSSIM 401: LGYLKNPIGT QNSFKNGWFF TGDLGVIHGD GYLEIKDRSK DVIISGGENV SSVEVEAVLY TNPAVNEAAV VARPDEFWGE TPCAFVSLKP GLTRKPTDKE 501: IIEYCKYKMP RYMAPKTVSF LEELPKTSTG KIIKSLLKEI AKNM |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)