AT1G75880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.929 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, GDSL, active site (InterPro:IPR008265), Lipase, GDSL (InterPro:IPR001087), Esterase, SGNH hydrolase-type (InterPro:IPR013830); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein (TAIR:AT1G75890.2); Has 3759 Blast hits to 3718 proteins in 343 species: Archae - 0; Bacteria - 575; Metazoa - 0; Fungi - 43; Plants - 3122; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28490564..28492298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41336.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 375 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MERCRSGHHR IISYYLSSSL ILFWCIFVLV LLSTTSTTNA LVKIPKNTTV PAVIVFGDSI VDAGNNDDMI TEARCDYAPY GIDFDGGVAT GRFSNGKVPG 101: DIVAEELGIK PNIPAYRNPN LKPEELLTGV TFASGGAGYV PLTTKIAVGG IPLPQQLIYF EEYIEKLKQM VGEKRTKFII KNSLFVVICG SNDIANDFFT 201: LPPVRLHYTV ASFTALMADN ARSFAQTLYG YGARRILVFG APPIGCVPSQ RTVAGGPTRD CVARFNDAAK LFNTKLSANI DVLSRTLQDP TIIYIDIYSP 301: LLDLILNPHQ YGFKVANKGC CGTGLIEVTA LCNNYTASVC PIRSDYVFWD SFHPTEKAYR IIVAKLLDRY LNRFF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)