AT1G75560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc knuckle (CCHC-type) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc knuckle (CCHC-type) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Zinc finger, CCHC retroviral-type (InterPro:IPR013084); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold shock domain protein 1 (TAIR:AT4G36020.1); Has 19425 Blast hits to 13089 proteins in 377 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 2237; Fungi - 1342; Plants - 858; Viruses - 14254; Other Eukaryotes - 720 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28371420..28372717 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28678.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 257 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSMSRSRSR SRSRSRDRFR SRSPRDRRMR SERVSYHDAP SRREREPRRA FSQGNLCNNC KRPGHFARDC SNVSVCNNCG LPGHIAAECT AESRCWNCRE 101: PGHVASNCSN EGICHSCGKS GHRARDCSNS DSRAGDLRLC NNCFKQGHLA ADCTNDKACK NCRTSGHIAR DCRNDPVCNI CSISGHVARH CPKGDSNYSD 201: RGSRVRDGGM QRGGLSRMSR DREGVSAMII CHNCGGRGHR AYECPSARVA DRGFRRY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)