AT1G75330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ornithine carbamoyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ornithine carbamoyltransferase (OTC); FUNCTIONS IN: amino acid binding, ornithine carbamoyltransferase activity, carboxyl- or carbamoyltransferase activity; INVOLVED IN: cellular amino acid metabolic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding (InterPro:IPR006132), Aspartate/ornithine carbamoyltransferase (InterPro:IPR006130), Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain (InterPro:IPR006131), Ornithine carbamoyltransferase (InterPro:IPR002292); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PYRIMIDINE B (TAIR:AT3G20330.1); Has 16793 Blast hits to 16793 proteins in 2905 species: Archae - 534; Bacteria - 11079; Metazoa - 203; Fungi - 280; Plants - 150; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 4541 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28266457..28268383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41004.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 375 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAAMASHVS TARSPALSFS SSSSSFFPGT TLRRFSAVSL PSPALPRLRV SCQASSVTSP SSPSDVKGKS DLKDFLAIDD FDTATIKTIL DKASEVKALL 101: KSGERNYLPF KGKSMSMIFA KPSMRTRVSF ETGFFLLGGH ALYLGPNDIQ MGKREETRDV ARVLSRYNDI IMARVFAHQD ILDLANYSSV PVVNGLTDHN 201: HPCQIMADAL TMIEHIGQVE GTKVVYVGDG NNMVHSWLEL ASVIPFHFVC ACPKGYEPDK ERVSKAKQAG LSKIEITNDP KEAVIGADVV YSDVWASMGQ 301: KDEAEARRKA FQGFQVDEAL MKLAGQKAYF MHCLPAERGV EVTNGVVEAP YSIVFPQAEN RMHAQNAIML HLLGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)