AT1G73250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.932 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GDP-4-keto-6-deoxymannose-3,5-epimerase-4-reductase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a bifunctional 3, 5-epimerase-4-reductase in L-fucose synthesis and converts GDP-D-mannose to GDP-L-fucose in vitro along with MUR1 (GDP-D-mannose 4,6-dehydratase). It is expressed in all tissues examined, but most abundantly in roots and flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GDP-4-keto-6-deoxymannose-3,5-epimerase-4-reductase 1 (GER1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein (TAIR:AT1G17890.1); Has 26333 Blast hits to 26329 proteins in 2769 species: Archae - 655; Bacteria - 15410; Metazoa - 462; Fungi - 218; Plants - 758; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 8805 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27545213..27546360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35571.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAETIGSEVS SMSDKSAKIF VAGHRGLVGS AIVRKLQEQG FTNLVLKTHA ELDLTRQADV ESFFSQEKPV YVILAAAKVG GIHANNTYPA DFIGVNLQIQ 101: TNVIHSAYEH GVKKLLFLGS SCIYPKFAPQ PIPESALLTA SLEPTNEWYA IAKIAGIKTC QAYRIQHGWD AISGMPTNLY GPNDNFHPEN SHVLPALMRR 201: FHEAKVNGAE EVVVWGTGSP LREFLHVDDL ADACVFLLDR YSGLEHVNIG SGQEVTIREL AELVKEVVGF EGKLGWDCTK PDGTPRKLMD SSKLASLGWT 301: PKVSLRDGLS QTYDWYLKNV CNR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)