AT1G72610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : germin-like protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
germin-like protein (GLP1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
germin-like protein 1 (GER1); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: extracellular matrix; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), Germin (InterPro:IPR001929), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), Germin, manganese binding site (InterPro:IPR019780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: germin 3 (TAIR:AT5G20630.1); Has 1559 Blast hits to 1557 proteins in 130 species: Archae - 0; Bacteria - 82; Metazoa - 0; Fungi - 43; Plants - 1420; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27339302..27339928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21560.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 208 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLRTIFLLSL LFALSNASVQ DFCVANLKRA ETPAGYPCIR PIHVKATDFV FSGLGTPGNT TNIINAAVTP AFAAQFPGLN GLGLSTARLD LAPKGVIPMH 101: THPGASEVLF VLTGSITAGF VSSANAVYVQ TLKPGQVMVF PQGLLHFQIN AGKSSASAVV TFNSANPGLQ ILDFALFANS LPTELVVGTT FLDATTVKKL 201: KGVLGGTG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)