AT1G72220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: inflorescence meristem, root, flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G33565.1); Has 9784 Blast hits to 9740 proteins in 308 species: Archae - 0; Bacteria - 7; Metazoa - 2351; Fungi - 909; Plants - 4998; Viruses - 86; Other Eukaryotes - 1433 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27184388..27185629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45355.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARKKHRKLF PTLASETNKT LDCSNGVCDP ICPYNCYPEP DYYTISPQLP PWSSSPQPSP CPSPSISAVY LPSQDSSSSL DAISIITITG AVLAILLTGF 101: FLVAKFFSDS VNRVNQGTYQ SDNEDNDTVM EEEFQDREQV DHPIWLIRTT GLQQSIINSI TICNYKRGDG LIERTDCPVC LNEFEEDESL RLLPKCNHAF 201: HISCIDTWLS SHTNCPLCRA GIAMISVTTP RYSGPVEVTP GGSGSHLEND GVDEEDHGEI ENRVDSDFKE SDDSDIRIEI YRFDSDGDGS ETETKERVRV 301: LKECMDPNGG DSVNSLSHTK THVESVDFPG KSCENQSEEF TRHNGEDEAS CSEENGGGSN QLRRSCDSGE LNGETTGDEG KSQSDISSST LKTNGSSSSV 401: SCFNKNKSSV FPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)