AT1G71880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sucrose-proton symporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Sucrose transporter gene induced in response to nematodes; member of Sucrose-proton symporter family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sucrose-proton symporter 1 (SUC1); FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity, sucrose:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: pollen germination, response to nematode; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sucrose/H+ symporter, plant (InterPro:IPR005989), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT1G71890.1); Has 2274 Blast hits to 2182 proteins in 558 species: Archae - 37; Bacteria - 864; Metazoa - 396; Fungi - 188; Plants - 414; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 375 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27054334..27056100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54861.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 513 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAYETEKPT KDAAALETQS PEDFDQPSPL RKIISVASIA AGVQFGWALQ LSLLTPYVQL LGIPHKWSSL IWLCGPVSGM IVQPIVGFHS DRCRSKFGRR 101: RPFIATGAAL VAVAVFLIGY AADFGYKMGD KLEEKVKVRA IGIFALGFWI LDVANNTLQG PCRAFLADLA AGDAKRTRVA NAFFSFFMAV GNVLGYAAGS 201: YTNLHKMFPF TMTKACDIYC ANLKTCFFLS ITLLLIVTVT SLWYVNDKQW SPPPRNADDD EKTSSVPLFG EIFGAFKVMK RPMWMLLIVT ALNWIAWFPF 301: LLFDTDWMGR EVFGGDSDGN ERSKKLYSLG VQSGAMGLMF NSIVLGFMSL GVEWIGRKLG GAKRLWGIVN FILAAGLAMT VLVTKFAEDH RKTAGDLAGP 401: SASVKAGALS LFAVLGIPLA ITFSTPFALA SIFSSCSGAG QGLSLGVLNL AIVIPQMIVS LGGGPFDALF GGGNLPAFIV AAIAAAISGV LALTVLPSPP 501: PDAPKATTMG GFH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)