AT1G70510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
7-day old Arabidopsis seedling (no marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A member of class I knotted1-like homeobox gene family (together with KNAT1). Similar to the knotted1 (kn1) homeobox gene of maize. KNAT2 acts synergistically with cytokinins and antagonistically with ethylene based on ectopic expression studies in different mutant backgrounds and hormone treatments. In addition, KNAT2 is negatively regulated by AS and YABBY genes. KNAT2 is strongly expressed in the shoot apex of seedlings, while in mature plants the gene is primarily expressed in flowers and inflorescence stems. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana 2 (KNAT2); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to ethylene stimulus, cytokinin mediated signaling pathway, specification of carpel identity; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: KNOX2 (InterPro:IPR005541), ELK (InterPro:IPR005539), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), KNOX1 (InterPro:IPR005540), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: KNOTTED1-like homeobox gene 6 (TAIR:AT1G23380.1); Has 6101 Blast hits to 6101 proteins in 374 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1779; Fungi - 271; Plants - 3894; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26576635..26582145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35639.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRMCGFRST EDYSEKATLM MPSDYQSLIC STTGDNQRLF GSDELATALS SELLPRIRKA EDNFSLSVIK SKIASHPLYP RLLQTYIDCQ KVGAPMEIAC 101: ILEEIQRENH VYKRDVAPLS CFGADPELDE FMETYCDILV KYKTDLARPF DEATTFINKI EMQLQNLCTG PASATALSDD GAVSSDEELR EDDDIAADDS 201: QQRSNDRDLK DQLLRKFGSH ISSLKLEFSK KKKKGKLPRE ARQALLDWWN VHNKWPYPTE GDKISLAEET GLDQKQINNW FINQRKRHWK PSENMPFDMM 301: DDSNETFFTE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)