AT1G70370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : polygalacturonase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
polygalacturonase 2 (PG2); FUNCTIONS IN: polygalacturonase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BURP (InterPro:IPR004873); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BURP domain-containing protein (TAIR:AT1G23760.1); Has 2933 Blast hits to 2085 proteins in 370 species: Archae - 9; Bacteria - 765; Metazoa - 357; Fungi - 320; Plants - 613; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 864 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26513003..26514998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68063.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 626 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLKQFLLLQS FSFFLFNVVI VGGRTFGGGF SAEENPFTPK ASLVRYWNKE IRGQSPRSEF LISKASPLNA VDSATFSKLA AANSLPTRFP DFCSAANLFC 101: FPDLGASLEK HDDDVKFSVY DQKNFTNYGN ARAGGADSFK NYSKDGNVVT DSFRRYSRNA AGHDDKFTVY GENSNVVEEG FNSYGTFGTG GAGDFTNYQN 201: NVNNPTSRFT AYSDGGNGRS QTFKTYTHEA NAGNGQSFTS YGKNGNGVPN EFTSYGVSSN VIGSGFSNYG ESGNAANDTF TSYGSDGNVP QNNFNNYGAS 301: GNAAVDTFAN YRDKANVGDD SFSSYAKDSN SEKVNFVNYG QSFNPGSETF TGYGKGAEGS KLSFKTYTPN STFKDYAKKG VAFAKYNVST TTANTVGDGK 401: TVNKWIEPGK FFRESSLKEG TVIPMPDIKD KMPKRSFLPR SIITKLPFST SKLGEIKRIF HAVENSTMGG IITDAVTECE RPPSVGETKR CVGSAEDMID 501: FATSVLGRSV VLRTTENVAG SKEKVVIGKV NGINGGKLTK AVSCHQSLYP YLLYYCHSVP KVRVYEADLL ELNSKKKINH GIAICHMDTS SWGPSHGAFL 601: ALGSKPGRIE VCHWIFENDM NWAIAD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)