AT1G70310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : spermidine synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Spermidine synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
spermidine synthase 2 (SPDS2); FUNCTIONS IN: spermidine synthase activity; INVOLVED IN: spermidine biosynthetic process; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spermine synthase (InterPro:IPR001045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: spermidine synthase 1 (TAIR:AT1G23820.1); Has 5357 Blast hits to 5354 proteins in 1531 species: Archae - 177; Bacteria - 2946; Metazoa - 372; Fungi - 210; Plants - 425; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1227 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26485497..26487352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37142.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 340 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSTQEASVT DLPVKRPREA EEDNNGGAME TENGGGEIKE PSCMSSIIPG WFSEISPMWP GEAHSLKVEK ILFQGKSDYQ DVIVFQSATY GKVLVLDGVI 101: QLTERDECAY QEMITHLPLC SISNPKKVLV IGGGDGGVLR EVARHSSVEQ IDICEIDKMV VDVAKQYFPN VAVGYEDPRV NLIIGDGVAF LKNAAEGTYD 201: AVIVDSSDPI GPAKELFEKP FFESVNRALR PGGVVCTQAE SLWLHMDIIE DIVSNCRDIF KGSVNYAWTS VPTYPSGVIG FMLCSSEGPQ VDFKKPVSLI 301: DTDESSIKSH CPLKYYNAEI HSAAFCLPSF AKKVIDSKAN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)