AT1G70170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : matrix metalloproteinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
mutant has Late flowering; Early senescence; Matrix Metalloproteinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
matrix metalloproteinase (MMP); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, metalloendopeptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: proteolysis, metabolic process; LOCATED IN: anchored to membrane; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M10, metallopeptidase (InterPro:IPR001818), Peptidoglycan binding-like (InterPro:IPR002477), Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site (InterPro:IPR021158), Peptidase M10A, matrix metallopeptidase (InterPro:IPR021190), Peptidase, metallopeptidase (InterPro:IPR006026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Matrixin family protein (TAIR:AT1G24140.1); Has 2679 Blast hits to 2485 proteins in 220 species: Archae - 2; Bacteria - 128; Metazoa - 2206; Fungi - 4; Plants - 185; Viruses - 44; Other Eukaryotes - 110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26424005..26425141 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42008.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRFCVFGFLS LFLIVSPASA WFFPNSTAVP PSLRNTTRVF WDAFSNFTGC HHGQNVDGLY RIKKYFQRFG YIPETFSGNF TDDFDDILKA AVELYQTNFN 101: LNVTGELDAL TIQHIVIPRC GNPDVVNGTS LMHGGRRKTF EVNFSRTHLH AVKRYTLFPG EPRWPRNRRD LTYAFDPKNP LTEEVKSVFS RAFGRWSDVT 201: ALNFTLSESF STSDITIGFY TGDHGDGEPF DGVLGTLAHA FSPPSGKFHL DADENWVVSG DLDSFLSVTA AVDLESVAVH EIGHLLGLGH SSVEESIMYP 301: TITTGKRKVD LTNDDVEGIQ YLYGANPNFN GTTSPPSTTK HQRDTGGFSA AWRIDGSSRS TIVSLLLSTV GLVLWFLP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)