AT1G69770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : chromomethylase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chromomethylase involved in methylating cytosine residues at non-CG sites. Involved in preferentially methylating transposon-related sequences, reducing their mobility. CMT3 interacts with an Arabidopsis homologue of HP1 (heterochromatin protein 1), which in turn interacts with methylated histones. Involved in gene silencing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chromomethylase 3 (CMT3); FUNCTIONS IN: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: chromatin, nucleus; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA methylase, C-5 cytosine-specific (InterPro:IPR001525), Chromo domain-like (InterPro:IPR016197), Bromo adjacent homology (BAH) domain (InterPro:IPR001025), DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site (InterPro:IPR018117), Chromo domain (InterPro:IPR000953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chromomethylase 2 (TAIR:AT4G19020.1); Has 4337 Blast hits to 3739 proteins in 974 species: Archae - 208; Bacteria - 2545; Metazoa - 230; Fungi - 161; Plants - 416; Viruses - 30; Other Eukaryotes - 747 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26248496..26253519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 94910.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 839 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKRKRPAT KDDTTKSIPK PKKRAPKRAK TVKEEPVTVV EEGEKHVARF LDEPIPESEA KSTWPDRYKP IEVQPPKASS RKKTKDDEKV EIIRARCHYR 101: RAIVDERQIY ELNDDAYVQS GEGKDPFICK IIEMFEGANG KLYFTARWFY RPSDTVMKEF EILIKKKRVF FSEIQDTNEL GLLEKKLNIL MIPLNENTKE 201: TIPATENCDF FCDMNYFLPY DTFEAIQQET MMAISESSTI SSDTDIREGA AAISEIGECS QETEGHKKAT LLDLYSGCGA MSTGLCMGAQ LSGLNLVTKW 301: AVDMNAHACK SLQHNHPETN VRNMTAEDFL FLLKEWEKLC IHFSLRNSPN SEEYANLHGL NNVEDNEDVS EESENEDDGE VFTVDKIVGI SFGVPKKLLK 401: RGLYLKVRWL NYDDSHDTWE PIEGLSNCRG KIEEFVKLGY KSGILPLPGG VDVVCGGPPC QGISGHNRFR NLLDPLEDQK NKQLLVYMNI VEYLKPKFVL 501: MENVVDMLKM AKGYLARFAV GRLLQMNYQV RNGMMAAGAY GLAQFRLRFF LWGALPSEII PQFPLPTHDL VHRGNIVKEF QGNIVAYDEG HTVKLADKLL 601: LKDVISDLPA VANSEKRDEI TYDKDPTTPF QKFIRLRKDE ASGSQSKSKS KKHVLYDHHP LNLNINDYER VCQVPKRKGA NFRDFPGVIV GPGNVVKLEE 701: GKERVKLESG KTLVPDYALT YVDGKSCKPF GRLWWDEIVP TVVTRAEPHN QVIIHPEQNR VLSIRENARL QGFPDDYKLF GPPKQKYIQV GNAVAVPVAK 801: ALGYALGTAF QGLAVGKDPL LTLPEGFAFM KPTLPSELA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)