AT1G69740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aldolase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative 5-aminolevulinate dehydratase involved in chlorophyll biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HEMB1; FUNCTIONS IN: porphobilinogen synthase activity, catalytic activity, metal ion binding; INVOLVED IN: porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Tetrapyrrole biosynthesis, porphobilinogen synthase (InterPro:IPR001731); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase superfamily protein (TAIR:AT1G44318.1); Has 6820 Blast hits to 6820 proteins in 2111 species: Archae - 162; Bacteria - 3714; Metazoa - 160; Fungi - 160; Plants - 86; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2538 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26232197..26234713 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46693.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 430 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTPIFNAS CSFPSTRGID CKSYIGLRSN VSKVSVASSR IATSQRRNLV VRASESGNGH AKKLGMSDAE CEAAVAAGNV PEAPPVPPKP AAPVGTPIIK 101: PLNLSRRPRR NRASPVTRAA FQETDISPAN FVYPLFIHEG EEDTPIGAMP GCYRLGWRHG LVQEVAKARA VGVNSIVLFP KVPEALKNST GDEAYNDNGL 201: VPRTIRLLKD KYPDLIIYTD VALDPYSSDG HDGIVREDGV IMNDETVHQL CKQAVSQARA GADVVSPSDM MDGRVGAIRS ALDAEGFQNV SIMSYTAKYA 301: SSFYGPFREA LDSNPRFGDK KTYQMNPANY REALIEARED EAEGADILLV KPGLPYLDII RLLRDKSPLP IAAYQVSGEY SMIKAGGVLK MIDEEKVMME 401: SLMCLRRAGA DIILTYFALQ AATCLCGEKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)