AT1G69295.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : plasmodesmata callose-binding protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the X8-GPI family of proteins. It localizes to the plasmodesmata and is predicted to bind callose. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plasmodesmata callose-binding protein 4 (PDCB4); FUNCTIONS IN: callose binding, polysaccharide binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasmodesma, plasma membrane, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: X8 (InterPro:IPR012946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein (TAIR:AT1G26450.1); Has 31696 Blast hits to 10907 proteins in 912 species: Archae - 149; Bacteria - 8998; Metazoa - 7905; Fungi - 3090; Plants - 1809; Viruses - 608; Other Eukaryotes - 9137 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26050492..26051843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22077.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVLLPLCLI ISMFTYSNAA YCLCKEGNEQ VLQKAIDYAC GNGADCTQIQ PTGACYQPNT VKNHCDVAVN SYYQKKASSG ATCDFNGAAS PSTTPPSTAS 101: NCLTGSSSSG TPTTGTPTTG TPTSGTPTTG TPTTGTPTTG TPTSGTPTSG FPNTGTPNTG TNTGMPNSNG MPTSSSSSVF PGTTLGPTGS GGLGDPNAGE 201: KLSVRTNTVV FLLTGVAAML VI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)