AT1G69180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant-specific transcription factor YABBY family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative transcription factor with zinc finger and helix-loop-helix domains, the later similar to HMG boxes. Involved in specifying abaxial cell fate in the carpel. Four putative LFY binding sites (CCANTG) and two potential binding sites for MADS box proteins known as CArG boxes (CC(A/T)6GG) were found in the region spanning 3.8 Kb upstream of the CRC coding region. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CRABS CLAW (CRC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), YABBY protein (InterPro:IPR006780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant-specific transcription factor YABBY family protein (TAIR:AT1G08465.1); Has 451 Blast hits to 449 proteins in 129 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 8; Plants - 437; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26007734..26008940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19723.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 181 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNLEEKPTMT ASRASPQAEH LYYVRCSICN TILAVGIPLK RMLDTVTVKC GHCGNLSFLT TTPPLQGHVS LTLQMQSFGG SDYKKGSSSS SSSSTSSDQP 101: PSPSPPFVVK PPEKKQRLPS AYNRFMRDEI QRIKSANPEI PHREAFSAAA KNWAKYIPNS PTSITSGGHN MIHGLGFGEK K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)