AT1G68480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative zinc finger transcription factor that is necessary for proper lateral organ shape and is sufficient to induce the proliferation of lateral organ tissue. Together with NUB, it is involved in stamen and carpel development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
JAGGED (JAG); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein (TAIR:AT1G13400.1); Has 723 Blast hits to 723 proteins in 72 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 56; Fungi - 19; Plants - 626; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:25684543..25685932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28381.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 253 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRHEENYLDL NNLPDDFSKD GNKQALEEGS SSGQRKKKGS KEGKDESGKV YECRFCSLKF CKSQALGGHM NRHRQERETE TLNQARQLVY RNDTITPPGI 101: SPFGYHHTTD PTIYRSVYSS PMIYPGSSST NLVPQPPMPP PPPPYPYSSN QYSPHNHFND YYLNPSFRGS RSISPSPNLP TTTTVDYMAD SPVEPGYTCV 201: GAPIGPTGFP IRGPSIVRAP LEPPQGRDGD ASRQRLDHSL RFPINRFQDH HSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)