AT1G68290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endonuclease 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative endonuclease but no demonstrable endonuclease activity, either towards single stranded DNA or mismatches, has been seen in vitro. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
endonuclease 2 (ENDO 2); FUNCTIONS IN: endonuclease activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipase C/P1 nuclease, core (InterPro:IPR008947), S1/P1 nuclease (InterPro:IPR003154); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: endonuclease 4 (TAIR:AT4G21585.1); Has 730 Blast hits to 727 proteins in 207 species: Archae - 0; Bacteria - 188; Metazoa - 0; Fungi - 100; Plants - 121; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 319 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25596718..25598264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32746.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 290 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANQKGLHVV MMIITVWLLY AAPNIHGWGK EGHEIICKIA QTRLDETAAK AVKELLPESA EGDLSSLCLW ADRVKFRYHW SSPLHYINTP DACSYQYNRD 101: CKDESGEKGR CVAGAIYNYT TQLLSYKTAA SSQSQYNLTE ALLFVSHFMG DIHQPLHVSY ASDKGGNTIE VHWYTRKANL HHIWDSNIIE TAEADLYNSA 201: LEGMVDALKK NITTEWADQV KRWETCTKKT ACPDIYASEG IQAACDWAYK GVTEGDTLED EYFYSRLPIV YQRLAQGGVR LAATLNRIFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)