AT1G68200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein (TAIR:AT1G66810.1); Has 1124 Blast hits to 1011 proteins in 226 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 463; Fungi - 91; Plants - 303; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 267 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25562118..25563948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34229.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 308 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENKIAPFSY SGSSAGNSSS GGVVSSSLYS DQLYKSTRNI MQQRQDMVNR EALCYTRLHE ASLEAEALRL ENTELRSMNL RLKNELNSLI RSSIQNRFDH 101: RSPLRMLSNL SIGGNDADEV ENQNRTVNRD DVNDKSPTSV MENEDLNRSS LPKSISVRSN GYSKASQGGG GAAAQSGKPR GTVTKPGTCG QVSTTQKVYV 201: RGGGKKEDQE EEIEVEVYNQ GMTKTELCNK WQETGTCPYG DHCQFAHGIK ELRPVIRHPR YKTEVCRMVL AGDNCPYGHR CHFRHSLSEQ EKLVAAGFKP 301: KSSLKLIT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)