AT1G66980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : suppressor of npr1-1 constitutive 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes SNC4 (suppressor of npr1-1, constitutive 4), an atypical receptor-like kinase with two predicted extracellular glycerophosphoryl diester phosphodiesterase domains. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
suppressor of npr1-1 constitutive 4 (SNC4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain (InterPro:IPR017946), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase (InterPro:IPR004129), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SHV3-like 2 (TAIR:AT1G66970.1); Has 115599 Blast hits to 113492 proteins in 4573 species: Archae - 153; Bacteria - 13353; Metazoa - 42961; Fungi - 9619; Plants - 32809; Viruses - 285; Other Eukaryotes - 16419 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24997491..25001961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 123831.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1118 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MNSQQSTRTK QMLQQSSTHL LCGVVLLQLF AAQVDAQRST SPWQTLSGDA PLVIARGGFS GLFPDSSLAA YQFAMVVSVA DVVLWCDVQL TKDGHGICFP 0101: DLNLANASNS EEVYPNRQKS YPVNGVTTKG WFPIDFSLTE LQKVLFSLIR GILSRSGKFD ENGYSISTVQ NVATQMKPAL FWLNVQHDEF YEQHNLSMSS 0201: FLLSTSRTVS IDFISSPEVN FFRKIAGGFG NNGPSFVFQF MGKEDFEPTT NRTYGSILSN LSFVKTFASG ILVPKSYILP LDDKQYLLPH TSLVQDAHKA 0301: GLKLYASGFA NDVDIAYNYS WDPVSEYLSF VDNGNFSVDG MLSDFPLTAS ASVDCFSHIG RNATKQVDFL VISKNGASGE YPGCTKLAYE KAIKDGSDVI 0401: DCPVQMSSDG IPFCSSSIDL VNSTTVGQTH LRNRSIIVPE ISSVAGIFTF SLTWHEIQSL TPAISNPFRE NGMSRNPNER NSGNLISLYE FLNLAKNSTS 0501: LSGILISLEN VVYLREKKGL DVVKVVLNRL TETGYIVGTL KVMIQSTTRL VLVDFKNQST YKTVYKIKET IGNITDSAIE DIKKFANAVV INKASVFPNS 0601: DSFLTGQTTN VLERLQKFQL PVYVELFQNE FVSQPFDFFA DETVEINAYI FGAGINGTIT EFPYTAARYK RNRCLGREEV PPYMLPVNPG GVLTLISTSS 0701: LPPAQDPNPI FTHDDVTEPP LPPVIAKSPT STLGTPSTIA KPLRNFLKVI RIVSWSVAGV VLFLVLLTLV FCFHRKRETR LRQQKLKALI PLEHYTYAQV 0801: KRITKSFAEV VGRGGFGIVY KGTLSDGRVV AVKVLKDTKG NGEDFINEVA TMSRTSHLNI VSLLGFCSEG SKRAIIYEFL ENGSLDKFIL GKTSVNMDWT 0901: ALYRIALGVA HGLEYLHHSC KTRIVHFDIK PQNVLLDDSF CPKVSDFGLA KLCEKKESIL SMLDTRGTIG YIAPEMISRV YGNVSHKSDV YSYGMLVLEI 1001: IGARNKEKAN QACASNTSSM YFPEWVYRDL ESCKSGRHIE DGINSEEDEL AKKMTLVGLW CIQPSPVDRP AMNRVVEMME GSLEALEVPP RPVLQQIPIS 1101: NLHESSILSE DVSVYTEG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)