AT1G66750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.923 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CDK-activating kinase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CDK-activating kinase 4 (CAK4); FUNCTIONS IN: protein binding, protein serine/threonine kinase activity, kinase activity; INVOLVED IN: regulation of cyclin-dependent protein kinase activity; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclin-dependent kinase D1;1 (TAIR:AT1G73690.1); Has 124001 Blast hits to 122583 proteins in 4490 species: Archae - 94; Bacteria - 13930; Metazoa - 46186; Fungi - 12564; Plants - 30685; Viruses - 410; Other Eukaryotes - 20132 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24894775..24897015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39203.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 348 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKSGDNQPV DRYLRRQILG EGTYGVVYKA TDTKTGKTVA VKKIRLGNQK EGVNFTALRE IKLLKELNHP HIVELIDAFP HDGSLHLVFE YMQTDLEAVI 101: RDRNIFLSPG DIKSYMLMTL KGLAYCHKKW VLHRDMKPNN LLIGENGLLK LADFGLARLF GSPNRRFTHQ VFATWYRAPE LLFGSRQYGA GVDVWAAGCI 201: FAELLLRRPF LPGSTEIDQL GKIFQAFGTP VPSQWSDMIY LPDYMEFSYT PAPPLRTIFP MASDDALDLL AKMFIYDPRQ RITIQQALDH RYFSSSPSPT 301: EPGKLQIPAS KGDALEPKAS EQNQHGNSPA VLSPPGKMRR VMGPEGFT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)