AT1G66160.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : CYS, MET, PRO, and GLY protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CYS, MET, PRO, and GLY protein 1 (CMPG1); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding; INVOLVED IN: response to chitin; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT5G37490.1); Has 2372 Blast hits to 2357 proteins in 158 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 212; Fungi - 52; Plants - 1883; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24637218..24638513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48215.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 431 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLSLRVRRR GGSVSKKEII PVTSCSEEVE ITIPSQFQCP ISYELMKDPV IIASGITYDR ENIEKWFESG YQTCPVTNTV LTSLEQIPNH TIRRMIQGWC 101: GSSLGGGIER IPTPRVPVTS HQVSEICERL SAATRRGDYA ACMEMVTKMT RLGKESERNR KCVKENGAGL VLCVCFDAFS ENANASLLLE ETVSVLTWML 201: PIGLEGQSKL TTTSSFNRLV ELLRNGDQNA AFLIKELLEL NVTHVHALTK INGVQEAFMK SINRDSTCVN SLISIHHMIL TNQETVSRFL ELDLVNITVE 301: MLVDSENSVC EKALTVLNVI CETKEGREKV RRNKLVIPIL VKKILKISEK KDLVSVMWKV CKSGDGSEVE EALRLGAFKK LVVMLQVGCG EGTKEKVTEL 401: LKMMNKVMKM NGFVDRSYSS SIEFKHVKKP F |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)