AT1G65930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytosolic NADP+-dependent isocitrate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a NADP+-isocitrate dehydrogenase that is believed to function in the cytosol. It appears to contribute to NADPH production under oxidative stress, and thereby to participate in redox signalling linked to defense responses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytosolic NADP+-dependent isocitrate dehydrogenase (cICDH); FUNCTIONS IN: isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity, copper ion binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: cytosol, apoplast, plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, eukaryotic (InterPro:IPR004790), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR019818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isocitrate dehydrogenase (TAIR:AT1G54340.1); Has 5437 Blast hits to 5413 proteins in 1130 species: Archae - 48; Bacteria - 1243; Metazoa - 817; Fungi - 231; Plants - 475; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2623 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24539088..24541861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45748.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 410 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFEKIKVAN PIVEMDGDEM TRVIWKSIKD KLITPFVELD IKYFDLGLPH RDATDDKVTI ESAEATKKYN VAIKCATITP DEGRVTEFGL KQMWRSPNGT 101: IRNILNGTVF REPIICKNVP KLVPGWTKPI CIGRHAFGDQ YRATDAVIKG PGKLTMTFEG KDGKTETEVF TFTGEGGVAM AMYNTDESIR AFADASMNTA 201: YEKKWPLYLS TKNTILKKYD GRFKDIFQEV YEASWKSKYD AAGIWYEHRL IDDMVAYALK SEGGYVWACK NYDGDVQSDF LAQGFGSLGL MTSVLVCPDG 301: KTIEAEAAHG TVTRHFRVHQ KGGETSTNSI ASIFAWTRGL AHRAKLDDNA KLLDFTEKLE AACVGTVESG KMTKDLALII HGSKLSRDTY LNTEEFIDAV 401: AAELKERLNA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)