AT1G64780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ammonium transporter 1;2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an ammonium transporter protein believed to act as a high affinity transporter. It is expressed in the root, primarily in endodermal and cortical cells, and contributes to ammonium uptake in the root. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ammonium transporter 1;2 (AMT1;2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ammonium transporter (InterPro:IPR001905), Ammonium transporter, conserved site (InterPro:IPR018047); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ammonium transporter 1;1 (TAIR:AT4G13510.1); Has 11676 Blast hits to 11662 proteins in 2073 species: Archae - 224; Bacteria - 4692; Metazoa - 520; Fungi - 427; Plants - 507; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5306 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24061021..24062565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55016.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 514 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTATTTCSA VDLSALLSSS SNSTSSLAAA TFLCSQISNI SNKLSDTTYA VDNTYLLFSA YLVFAMQLGF AMLCAGSVRA KNTMNIMLTN VLDAAAGAIS 101: YYLFGFAFAF GTPSNGFIGR HHSFFALSSY PERPGSDFSF FLYQWAFAIA AAGITSGSIA ERTQFVAYLI YSTFLTGFVY PTVSHWFWSS DGWASASRSD 201: NNLLFGSGAI DFAGSGVVHM VGGIAGLCGA LVEGPRIGRF DRSGRSVALR GHSASLVVLG TFLLWFGWYG FNPGSFLTIL KGYDKSRPYY GQWSAVGRTA 301: VTTTLSGCTA ALTTLFSKRL LAGHWNVIDV CNGLLGGFAA ITSGCAVVEP WAAIVCGFVA SWVLIGFNLL AKKLKYDDPL EAAQLHGGCG AWGLIFTGLF 401: ARKEYVNEIY SGDRPYGLFM GGGGKLLAAQ IVQIIVIVGW VTVTMGPLFY GLHKMNLLRI SAEDEMAGMD MTRHGGFAYA YNDEDDVSTK PWGHFAGRVE 501: PTSRSSTPTP TLTV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)