AT1G64520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : regulatory particle non-ATPase 12A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
regulatory particle non-ATPase 12A (RPN12a); FUNCTIONS IN: peptidase activity; INVOLVED IN: in 14 processes; LOCATED IN: proteasome complex, nucleus, proteasome regulatory particle, lid subcomplex, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 (InterPro:IPR006746), SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 (InterPro:IPR005062); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: regulatory particle non-ATPase 12B (TAIR:AT5G42040.1); Has 474 Blast hits to 474 proteins in 207 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 195; Fungi - 129; Plants - 70; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23956459..23958120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30707.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPQLTEVSQ QFERFKAAFA RKDYNTCSDL LSQLKVLLTK FTSLPPLFEN SPNAAKELTI ARDIYEHAVV LSVKTEDQDA FERDFFQLKP YYVDARNRIP 101: QSPQENLILG LNLLRLLVQN RIAEFHTELE LLSSATLEDP CIKHAVELEQ SFMEGAYNRV LSARQTAPDA TYVYFMDLLA KTIRDEIAGC SEKAYDYVSI 201: SDARQMLLFS SDQELLTYVT DEHPEWEVKE GFVVFQKAKE TAPCKEIPSL QLINQTLSYA RELERIV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)