AT1G64440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 golgi 0.500 ASURE: cytosol,golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with UDP-D-glucose 4-epimerase activity. Mutants in RHD1 have abnormally shaped root hairs with a bulbous region at the base. Allelic to REB1 encoding a UDP-D-glucose 4-epimerase involved in cell wall biosynthesis.Involved in growth and cell wall carbohydrate biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ROOT HAIR DEFECTIVE 1 (RHD1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), UDP-glucose 4-epimerase (InterPro:IPR005886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 5 (TAIR:AT4G10960.1); Has 39875 Blast hits to 39850 proteins in 2971 species: Archae - 802; Bacteria - 24274; Metazoa - 636; Fungi - 515; Plants - 1061; Viruses - 41; Other Eukaryotes - 12546 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23937102..23939565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38125.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 348 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGNILVTGG AGYIGSHTVL QLLLGGYNTV VIDNLDNSSL VSIQRVKDLA GDHGQNLTVH QVDLRDKPAL EKVFSETKFD AVMHFAGLKA VGESVAKPLL 101: YYNNNLIATI TLLEVMAAHG CKKLVFSSSA TVYGWPKEVP CTEESPLSGM SPYGRTKLFI EDICRDVQRG DPEWRIIMLR YFNPVGAHPS GRIGEDPCGT 201: PNNLMPYVQQ VVVGRLPNLK IYGTDYTTKD GTGVRDYIHV VDLADGHICA LQKLDDTEIG CEVYNLGTGK GTTVLEMVDA FEKASGMKIP LVKVGRRPGD 301: AETVYASTEK AERELNWKAN FGIEEMCRDQ WNWASNNPFG YGSSPNST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)