AT1G63800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.980 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-conjugating enzyme 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-conjugating enzyme 5 (UBC5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608), Ubiquitin-conjugating enzyme (InterPro:IPR015581); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin conjugating enzyme 4 (TAIR:AT5G41340.1); Has 8752 Blast hits to 8751 proteins in 386 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4011; Fungi - 1743; Plants - 1591; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 1387 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23667888..23669003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21179.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 185 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSPSKRREM DLMKLMMSDY KVEMINDGMQ EFFVEFSGPK DSIYEGGVWK IRVELPDAYP YKSPSVGFIT KIYHPNVDEM SGSVCLDVIN QTWSPMFDLV 101: NVFETFLPQL LLYPNPSDPL NGEAAALMMR DRPTYEQRVK EYCEKYAKPR ADTEEMSSDD EMSEDEYASD GDDEDDVAIA GKLDP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)