AT1G63690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.958 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE 2 (SPPL2); FUNCTIONS IN: peptidase activity, aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Peptidase A22, presenilin signal peptide (InterPro:IPR006639), Peptidase A22B, signal peptide peptidase (InterPro:IPR007369); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE 4 (TAIR:AT1G01650.1); Has 1779 Blast hits to 1755 proteins in 292 species: Archae - 1; Bacteria - 179; Metazoa - 755; Fungi - 159; Plants - 440; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 245 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23618490..23622082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59840.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSLRFLRIL LLSSSILLLS LRSTVTAGDI VHQDNLAPKK PGCENDFVLV KVQTWIDGVE NEEFVGVGAR FGKRIVSKEK NANQTHLVFA NPRDSCTPLK 101: NKLSGDVVIV ERGNCRFTAK ANNAEAAGAS ALLIINNQKE LYKMVCEPDE TDLDIQIPAV MLPQDAGASL QKMLANSSKV SAQLYSPRRP AVDVAEVFLW 201: LMAIGTILCA SYWSAWSARE AAIEHDKLLK DAIDEIPNTN DGGSGVVEIN SISAIFFVVL ASGFLVILYK LMSYWFVELL VVVFCIGGVE GLQTCLVALL 301: SRWFQRAADT YVKVPFLGPI SYLTLAVSPF CIVFAVLWAV YRVHSFAWIG QDVLGIALII TVLQIVHVPN LKVGTVLLSC AFLYDIFWVF VSKKLFHESV 401: MIVVARGDKS GEDGIPMLLK IPRMFDPWGG YSIIGFGDIL LPGLLIAFAL RYDWLANKTL RTGYFIWAMV AYGLGLLITY VALNLMDGHG QPALLYIVPF 501: TLGTMLTLAR KRDDLWILWT KGEPERACPH HVRLEQCSEK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)