AT1G63180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.995 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with UDP-D-glucose 4-epimerase activity. Involved in pollen development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 3 (UGE3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), UDP-glucose 4-epimerase (InterPro:IPR005886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 1 (TAIR:AT1G12780.1); Has 41147 Blast hits to 41136 proteins in 2978 species: Archae - 810; Bacteria - 24610; Metazoa - 646; Fungi - 484; Plants - 1052; Viruses - 38; Other Eukaryotes - 13507 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23427559..23429384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38912.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 351 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSVEQNIL VTGGAGFIGT HTVVQLLNQG FKVTIIDNLD NSVVEAVHRV RELVGPDLST KLEFNLGDLR NKGDIEKLFS NQRFDAVIHF AGLKAVGESV 101: GNPRRYFDNN LVGTINLYET MAKYNCKMMV FSSSATVYGQ PEIVPCVEDF ELQAMNPYGR TKLFLEEIAR DIHAAEPEWK IILLRYFNPV GAHESGRIGE 201: DPKGIPNNLM PYIQQVAVGR LPELNVFGHD YPTMDGSAVR DYIHVMDLAD GHVAALNKLF SDSKIGCTAY NLGTGQGTSV LEMVSSFEKA SGKKIPIKLC 301: PRRAGDATAV YASTQKAEKE LGWKAKYGVD EMCRDQWNWA NKNPWGFQKK P |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)