AT1G62800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.977 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : aspartate aminotransferase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes aspartate aminotransferase (Asp4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
aspartate aminotransferase 4 (ASP4); FUNCTIONS IN: pyridoxal phosphate binding, transferase activity, transferring nitrogenous groups, transaminase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: asparagine catabolic process, biosynthetic process, glutamate catabolic process to oxaloacetate, cellular amino acid metabolic process, aspartate transamidation; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site (InterPro:IPR004838), Aspartate/other aminotransferase (InterPro:IPR000796), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartate aminotransferase 2 (TAIR:AT5G19550.1); Has 5933 Blast hits to 5926 proteins in 1472 species: Archae - 1; Bacteria - 3981; Metazoa - 484; Fungi - 405; Plants - 397; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 665 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23253934..23257416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44360.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSILSSVLP APEDPVLSVI FACRDDPSPV KLNLSAGTYR TEEGKPLVLD VVRRAEQQLA NDLDKEYLPL NGLPEFNKLS TKLILGDDSP ALKENRVVTT 101: QCLSGTGSLR VGAEFLATHN KESVIFVPNP TWGNHPRIFT LAGLSVQYFR YYDPKSRGLD FKGMLEDLGA APPGAIVVLQ ACAHNPTGVD PTFEQWEKIR 201: RLVRSKSLLP FFDSAYQGFA SGSLDADAQA VRMFVADGGE CLIAQSYAKN MGLYGERIGS LTIVCTSEDV AKKVENQVLL VVRPMYLTPP IHGASIVATI 301: LKNSDMYNDW TIELKGMADR IISMRQQLYA ALEARGTPGD WSHIIKHIGM FTFTGLSEEQ VRLMAKEYHI YMTYDGRISM ASLSSKTVPQ LADAIHAVVT 401: RIA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)