AT1G62740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.962 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : stress-inducible protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
stress-inducible protein, putative; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to stress; LOCATED IN: cytosol, nucleus, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock chaperonin-binding (InterPro:IPR006636), Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: stress-inducible protein, putative (TAIR:AT1G12270.1); Has 44605 Blast hits to 18649 proteins in 1479 species: Archae - 1696; Bacteria - 14533; Metazoa - 9820; Fungi - 2891; Plants - 3854; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 11807 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23231026..23233380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64523.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 571 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADEAKAKGN AAFSSGDFNS AVNHFTDAIN LTPTNHVLFS NRSAAHASLN HYDEALSDAK KTVELKPDWG KGYSRLGAAH LGLNQFDEAV EAYSKGLEID 101: PSNEGLKSGL ADAKASASRS RASAPNPFGD AFQGPEMWSK LTADPSTRGL LKQPDFVNMM KEIQRNPSNL NLYLQDQRVM QALGVLLNIQ IRTQQAGDDM 201: EIGEEEMAVP SRKEPEVEKK RKPEPEPEPE PEFGEEKQKK LKAQKEKELG NAAYKKKDFE TAIQHYSTAM EIDDEDISYI TNRAAVHLEM GKYDECIKDC 301: DKAVERGREL RSDYKMVAKA LTRKGTALGK MAKVSKDYEP VIQTYQKALT EHRNPETLKR LNEAERAKKE LEQQEYYDPN IGDEEREKGN DFFKEQKYPD 401: AVRHYTEAIK RNPKDPRAYS NRAACYTKLG AMPEGLKDAE KCIELDPTFL KGYSRKGAVQ FFMKEYDNAM ETYQKGLEHD PNNQELLDGV KRCVQQINKA 501: NRGDLTPEEL KERQAKGMQD PEIQNILTDP VMRQVLSDLQ ENPAAAQKHM QNPMIMNKIQ KLISSGIVQM K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)