AT1G62400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.965 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein kinase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
high leaf temperature 1 (HT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein kinase superfamily protein (TAIR:AT5G58950.1); Has 132835 Blast hits to 130849 proteins in 5233 species: Archae - 136; Bacteria - 14325; Metazoa - 51137; Fungi - 12092; Plants - 33829; Viruses - 555; Other Eukaryotes - 20761 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23090243..23091529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39191.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 345 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKKRFDSME SWSMILESEN VETWEASKGE REEWTADLSQ LFIGNKFASG AHSRIYRGIY KQRAVAVKMV RIPTHKEETR AKLEQQFKSE VALLSRLFHP 101: NIVQFIAACK KPPVYCIITE YMSQGNLRMY LNKKEPYSLS IETVLRLALD ISRGMEYLHS QGVIHRDLKS NNLLLNDEMR VKVADFGTSC LETQCREAKG 201: NMGTYRWMAP EMIKEKPYTR KVDVYSFGIV LWELTTALLP FQGMTPVQAA FAVAEKNERP PLPASCQPAL AHLIKRCWSE NPSKRPDFSN IVAVLEKYDE 301: CVKEGLPLTS HASLTKTKKA ILDHLKGCVT SISSPFSSSS VPVNA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)