AT1G61610.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.838 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-locus lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-locus lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), EGF-like, type 3 (InterPro:IPR000742), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), EGF-like (InterPro:IPR006210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-locus lectin protein kinase family protein (TAIR:AT4G21390.1); Has 122475 Blast hits to 120608 proteins in 4623 species: Archae - 110; Bacteria - 13774; Metazoa - 44808; Fungi - 10369; Plants - 35077; Viruses - 393; Other Eukaryotes - 17944 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22733472..22736509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95387.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 842 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGFNRNLTL VTTLLIFHQL CSNVSCSTSN SFTRNHTIRE GDSLISEDES FELGFFTPKN STLRYVGIWY KNIEPQTVVW VANREKPLLD HKGALKIADD 101: GNLVIVNGQN ETIWSTNVEP ESNNTVAVLF KTGDLVLCSD SDRRKWYWES FNNPTDTFLP GMRVRVNPSL GENRAFIPWK SESDPSPGKY SMGIDPVGAL 201: EIVIWEGEKR KWRSGPWNSA IFTGIPDMLR FTNYIYGFKL SSPPDRDGSV YFTYVASDSS DFLRFWIRPD GVEEQFRWNK DIRNWNLLQW KPSTECEKYN 301: RCGNYSVCDD SKEFDSGKCS CIDGFEPVHQ DQWNNRDFSG GCQRRVPLNC NQSLVAGQED GFTVLKGIKV PDFGSVVLHN NSETCKDVCA RDCSCKAYAL 401: VVGIGCMIWT RDLIDMEHFE RGGNSINIRL AGSKLGGGKE NSTLWIIVFS VIGAFLLGLC IWILWKFKKS LKAFLWKKKD ITVSDIIENR DYSSSPIKVL 501: VGDQVDTPDL PIFSFDSVAS ATGDFAEENK LGQGGFGTVY KGNFSEGREI AVKRLSGKSK QGLEEFKNEI LLIAKLQHRN LVRLLGCCIE DNEKMLLYEY 601: MPNKSLDRFL FDESKQGSLD WRKRWEVIGG IARGLLYLHR DSRLKIIHRD LKASNILLDT EMNPKISDFG MARIFNYRQD HANTIRVVGT YGYMAPEYAM 701: EGIFSEKSDV YSFGVLILEI VSGRKNVSFR GTDHGSLIGY AWHLWSQGKT KEMIDPIVKD TRDVTEAMRC IHVGMLCTQD SVIHRPNMGS VLLMLESQTS 801: QLPPPRQPTF HSFLNSGDIE LNFDGHDVAS VNDVTFTTIV GR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)