AT1G57820.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a 645-amino acid methylcytosine-binding protein with a PHD domain, two RING finger domains, and an SRA domain that is involved in centromere heterochromatinization. This protein functions as an E3 ubiquitin ligase in vitro. The protein has been shown to bind to methylated cytosines of CG, CNG and CNN motifs via its SRA domain but has a preference for the former. It plays a role in the establishment/maintenance of chromatin structure during cell division and is localized in the nucleus. Plants over-expressing VIM1/ORTH2 show an inhibition in root growth and a delay in flowering. Both over-expression of GFP:ORTH2 and loss of ORTH2/VIM1 lead to decreased levels of DNA methylation. GFP:ORTH2 over-expressers also have increased levels of FWA transcripts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VARIANT IN METHYLATION 1 (VIM1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), SRA-YDG (InterPro:IPR003105), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G57800.1); Has 4294 Blast hits to 3626 proteins in 667 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 3221; Fungi - 261; Plants - 573; Viruses - 10; Other Eukaryotes - 215 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21414342..21417902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71470.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 645 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARDIQLPCD GDGVCMRCKS NPPPEESLTC GTCVTPWHVS CLSSPPKTLA STLQWHCPDC SGEIDPLPVS GGATGFESAG SDLVAAIRAI EADESLSTEE 101: KAKMRQRLLS GKGVEEDDEE EKRKKKGKGK NPNLDVLSAL GDNLMCSFCM QLPERPVTKP CGHNACLKCF EKWMGQGKRT CGKCRSIIPE KMAKNPRINS 201: SLVAAIRLAK VSKSAAATTS KVFHFISNQD RPDKAFTTER AKKTGKANAA SGKIYVTIPP DHFGPIPAEN DPVRNQGLLV GESWEDRLEC RQWGAHFPHV 301: AGIAGQSTYG AQSVALSGGY KDDEDHGEWF LYTGSGGRDL SGNKRTNKEQ SFDQKFEKSN AALKLSCKLG YPVRVVRSHK EKRSAYAPEE GVRYDGVYRI 401: EKCWRKVGVQ GSFKVCRYLF VRCDNEPAPW TSDENGDRPR PIPNIPELNM ATDLFERKET PSWDFDEGEG CWKWMKPPPA SKKSVNVLAP EERKNLRKAI 501: KAAHSNTMRA RLLKEFKCQI CQQVLTLPVT TPCAHNFCKA CLEAKFAGKT LVRERSTGGR TLRSRKNVLN CPCCPTDISD FLQNPQVNRE VAEVIEKLKT 601: QEEDTAELED EDEGECSGTT PEEDSEQPKK RIKLDTDATV SATIR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)