AT1G55850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: endoplasmic reticulum,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cellulose synthase like E1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein similar to cellulose synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cellulose synthase like E1 (CSLE1); FUNCTIONS IN: cellulose synthase activity, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: plant-type cell wall biogenesis, cellulose biosynthetic process, polysaccharide biosynthetic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cellulose synthase (InterPro:IPR005150); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cellulose synthase like G2 (TAIR:AT4G24000.1); Has 2588 Blast hits to 1976 proteins in 305 species: Archae - 7; Bacteria - 382; Metazoa - 5; Fungi - 13; Plants - 2129; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 52 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20876752..20879414 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 82351.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 729 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVNKDDRIRP VHEADGEPLF ETRRRTGRVI AYRFFSASVF VCICLIWFYR IGEIGDNRTV LDRLIWFVMF IVEIWFGLYW VVTQSSRWNP VWRFPFSDRL 101: SRRYGSDLPR LDVFVCTADP VIEPPLLVVN TVLSVTALDY PPEKLAVYLS DDGGSELTFY ALTEAAEFAK TWVPFCKKFN VEPTSPAAYL SSKANCLDSA 201: AEEVAKLYRE MAARIETAAR LGRIPEEARV KYGDGFSQWD ADATRRNHGT ILQVLVDGRE GNTIAIPTLV YLSREKRPQH HHNFKAGAMN ALLRVSSKIT 301: CGKIILNLDC DMYANNSKST RDALCILLDE KEGKEIAFVQ FPQCFDNVTR NDLYGSMMRV GIDVEFLGLD GNGGPLYIGT GCFHRRDVIC GRKYGEEEEE 401: EESERIHENL EPEMIKALAS CTYEENTQWG KEMGVKYGCP VEDVITGLTI QCRGWKSAYL NPEKQAFLGV APTNLHQMLV QQRRWSEGDF QIMLSKYSPV 501: WYGKGKISLG LILGYCCYCL WAPSSLPVLI YSVLTSLCLF KGIPLFPKVS SSWFIPFGYV TVAATAYSLA EFLWCGGTFR GWWNEQRMWL YRRTSSFLFG 601: FMDTIKKLLG VSESAFVITA KVAEEEAAER YKEEVMEFGV ESPMFLVLGT LGMLNLFCFA AAVARLVSGD GGDLKTMGMQ FVITGVLVVI NWPLYKGMLL 701: RQDKGKMPMS VTVKSVVLAL SACTCLAFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)