AT1G55760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.758 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB/POZ domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
BTB/POZ domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BTB/POZ domain-containing protein (TAIR:AT1G21780.2); Has 5280 Blast hits to 5249 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3933; Fungi - 29; Plants - 1085; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 214 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20847117..20848507 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37671.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTDSAYRVDT ISRLAQWRIH NLSSSTYRKS DPFKMGLWNW HLSVEKSKML LNVKLYPEVS NLTRENPPVA SFALRVVSST GERKALSHPE VIDKRIKTNE 101: DFIWTIEVPL TGKIIIDVEF LDLKVLSQDS GELYSIWANG STENQSQVTA VTSLGRMLTE SIYTDITINA SDGSIGAHRA VLAARSPVFR SMFLHDLKEK 201: ELSEINVLDM PLDACQAFLS YIYGNIQNED FLIHRLALLQ AAEKYDIADL KEACHLSLLD DIDTKNVLER LQNAYLYQLP ELKASCMRYL VKFGKIFEIR 301: DEFNIFMQCA DRDLISEIFH EVLSTWKGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)