AT1G55300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TBP-associated factor 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TBP-associated factor 7 (TAF7); FUNCTIONS IN: general RNA polymerase II transcription factor activity; INVOLVED IN: transcription initiation from RNA polymerase II promoter; LOCATED IN: transcription factor TFIID complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TAFII55 protein, conserved region (InterPro:IPR006751); Has 378 Blast hits to 378 proteins in 149 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 187; Fungi - 92; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20628170..20629490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22492.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 203 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEQFILRVP PSVSERIDRL LSEDASTSDE IPLDLFFSED GRNGTFMIGN DEFPASLLDL PAVVESFKTY DDCALVKTAD IGQMIMVREP GDPAPNTVEY 101: RHGLTPPMKD ARKRRFRREP DLNPELVQRV ERDLLNILSG GTVENVHEQE EPATNENASN ASKKVSSSSP TPVEKPEAPE TGTSNPTGVE PERSESEDSD 201: DSM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)